Gdy 31 lipca 1611 r. dwudziestoletni Andrzej Bobola, jako uczeń jezuickiej szkoły w Braniewie zgłosił się do litewskiej prowincji Towarzystwa Jezusowego z pewnością nie myślał o końcu, jaki zgotuje mu przyszłość. Chciał być wierny Bożemu powołaniu, dlatego usłyszawszy głos Chrystusa: Pójdź za mną!, nie zwlekał, lecz poprosił o przyjęcie do zakonu w tym samym dniu, w którym ukończył szkołę średnią. Imponował mu rozmach pracy apostolskiej i poziom intelektualny, jaki reprezentowali jezuici dlatego postanowił zrealizować swoje powołanie kapłańskie we wspólnocie, którą poznał w czasie studiów. Ówczesny prowincjał litewski, Paweł Beksa, polecił przyjąć zgłaszającego się kandydata. Andrzej jako uczeń musiał mieć w swoim środowisku opinię nie budzącą zastrzeżeń. Wszystko, cała przygoda, która miała doprowadzić go do janowskiej tragedii, a raczej janowskiego zwycięstwa, zaczęło się bardzo po prostu. Wstępując w progi nowicjackiego domu, który z powodu pożaru kolegium św. Ignacego mieścił się w zabudowaniach Akademii Wileńskiej, wpisał własnoręcznie do specjalnego zeszytu oświadczenie: Ja, Andrzej Bobola, Małopolanin, zostałem przypuszczony do odbycia pierwszej próby, dnia ostatniego lipca 1611 r., zdecydowany za pomocą Boga wypełnić wszystko, co mi przedłożono. 10 sierpnia otrzymał suknię zakonną i rozpoczął właściwy nowicjat. Pewną monotonię zajęć nowicjackich przerywał czas prób. Andrzej odbył ich trzy: miesięczną posługę chorym w szpitalu, katechizowanie na placu miejskim przygodnie zebranych słuchaczy oraz pielgrzymowanie o żebraczym chlebie w okolicach Wilna. Szczególnie przykra wydaje się ta ostatnia. Były to bowiem czasy zacietrzewienia religijnego, kiedy strony, zarówno katolicy, jak i ewangelicy czy prawosławni, nie przebierali w środkach w walce z oponentami, a niechęć, niejednokrotnie nawet wrogość innowierców do Towarzystwa Jezusowego łączyła się z czynnymi zniewagami. Uwieńczeniem nowicjatu są śluby zakonne: wieczystego ubóstwa, czystości i posłuszeństwa. Złożył je Andrzej 31 lipca 1613 r., podczas Mszy św. celebrowanej przez swojego rektora i jednocześnie mistrza nowicjatu, Wawrzyńca Bartiliusa. Jeszcze tego samego dnia przeniósł się Bobola do kolegium akademickiego, by odbyć studia filozoficzne. W 1616 r. zdał komisyjny egzamin z całości filozofii. Zwyczajem Towarzystwa wysyłano wówczas nowych magistrów na praktykę wychowawczą lub dydaktyczną do któregoś z kolegiów. Andrzeja skierowano do kolebki polskich jezuitów – Braniewa. Zapewne zadowolony był z tej placówki, ponieważ w zawsze przepełnionym Hozjanum panował dobry duch. O duchowej prężności tego ośrodka w czasie, gdy tam pracował, świadczy fakt, że w roku, w którym odchodził z Braniewa, trzynastu uczniów tej szkoły poprosiło o przyjęcie do Towarzystwa, a pięciu poszło do innych zakonów. Drugim miejscem, gdzie Andrzej sprawdzał swoje siły jako pedagog, był Pułtusk. Uczelnia licząca wtedy ponad 800 studentów była ulubioną szkołą synów magnackich i wydała wielu obywateli zasłużonych dla ojczyzny. Po dwuletniej praktyce pedagogicznej rozpoczął studia teologiczne na Akademii Wileńskiej. Funkcję rektora kolegium pełnił wówczas Żmudzin, Jan Gruzewski, który podobnie jak uprzednio ks. Bartilius, mistrz nowicjatu, obok zwyczajnych zajęć związanych z pełnionym urzędem, z umiłowaniem odwiedzał więźniów, chorych w szpitalach oraz katechizował dzieci. Przykłady te nie pozostały bez wpływu na Andrzeja. Święcenia kapłańskie, cel i przedmiot marzeń każdego kleryka, otrzymał w dniu kanonizacji pierwszych jezuitów: Ignacego Loyoli i Franciszka Ksawerego, 12 marca 1622 r. Udzielił mu ich bp Eustachy Wołłowicz. Rok przed święceniami rodzina Andrzeja zdołała uzyskać zgodę generała zakonu, Mutiusa Vitelleschi, aby Bobola, jako Małopolanin, mógł przejść z prowincji litewskiej do polskiej. Andrzej jednak wolał pozostać w prowincji, do której wstąpił. Sądził widocznie, że tutaj będzie mógł owocniej pracować dla chwały Bożej.
W roku 1622, bezpośrednio po ukończeniu studiów teologicznych, został skierowany na rok trzeciej probacji do Nieświeża, gdzie pogłębiał zarówno swoją znajomość konstytucji Towarzystwa, jak i osobisty kontakt z Bogiem przez Ćwiczenia duchowe św. Ignacego. Tam, po probacji, spędził także pierwszy rok swojej pracy apostolskiej. Został rektorem kościoła. Okazał się doskonałym administratorem oraz jeszcze lepszym duszpasterzem: świetnym spowiednikiem i kaznodzieją. Oprócz zajęć na miejscu podejmował w okolicy prace misjonarza ludowego: w pobliskich wioskach udzielał chrztu św., sakramentalnym związkiem połączył 49 par żyjących przedtem bez ślubu, wielu nakłonił do spowiedzi i poprawy życia. W Nieświeżu pełnił także obowiązki prefekta bursy dla ubogiej młodzieży.
Wcześnie musiał zyskać sławę jako głosiciel słowa Bożego, skoro starał się o niego, właśnie jako o wybitnego kaznodzieję, dom profesów w Warszawie. Prowincjał posłał jednak Bobolę do Wilna, do pracy w kościele św. Kazimierza. Tutaj powierzono Andrzejowi Sodalicję Mariańską mieszczan, ambonę, konfesjonał, administrację kościoła oraz popularne wykłady z zakresu Pisma św. i dogmatyki. Gdy w czerwcu 1625 r. nawiedziła Wilno jakaś epidemia, nie zważając na niebezpieczeństwo zarażenia się, pospieszył wraz z innymi na posługę chorym. Następstwem samarytańskiej pomocy była wtedy śmierć 6 jezuitów; zebrano jednak niemały plon duchowy: wysłuchano 8000 spowiedzi, przykładem heroicznego poświęcenia nawrócono 26 innowierców.
W roku 1627 wypłynęła sprawa publicznych ślubów Andrzeja. Rozpisane w tym celu informacje zgodnie podkreślały bystry umysł kandydata, dobre wykształcenie, trzeźwość osądu, zdolności kaznodziejskie oraz wielki i dobroczynny wpływ, jaki wywierał na ludzi. Zarzucano mu jednak upieranie się przy własnym zdaniu oraz wybuchowość. Ostatecznie został dopuszczony do profesji czterech ślubów, które złożył w niedzielę, 1 czerwca 1630 r., w kościele św. Kazimierza w Wilnie.
Po profesji odczuł na sobie jedną z cech jezuickiego charyzmatu: przenoszenie się z miejsca na miejsce. Najpierw został posłany do Bobrujska, niewielkiego miasteczka zabudowanego drewnianymi domkami, zamieszkałego przede wszystkim przez prawosławnych. Nikły odsetek katolików rozproszonych w innowierczej społeczności pozbawiony był całkowicie opieki duszpasterskiej. Ignorancji religijnej towarzyszył zanik życia sakramentalnego oraz obniżenie poziomu moralności. Wielu ulegało wpływowi otoczenia i przystało do schizmy. W 1630 r. jezuici otworzyli tutaj placówkę, a pierwszym jej przełożonym mianowano Bobolę. Spędził na niej trzy lata. Dzieło, którego dokonał, było robotą pionierską zarówno w wymiarze materialnym, jak i duchowym. Obok troski o niezbędne w każdej działalności zaplecze ekonomiczne, głosił kazania i słuchał spowiedzi. Do współpracy dodano mu czterech kapłanów i brata zakonnego. Księża poświęcali swoje siły i czas przede wszystkim działalności misjonarskiej w okolicznych wioskach, brat Krzysztof Genell natomiast, jako rzeźbiarz, zajęty był przy budowie kościoła. Pisząc w tym okresie opinię do Rzymu, prowincjał Mikołaj Łęczycki podkreślił u Boboli zdrowy rozsądek, dobre wykształcenie, łatwość obcowania z ludźmi oraz wywieranie dodatniego wpływu na otoczenie.
W roku 1633 posłano Andrzeja do Płocka, gdzie kierował Sodalicją Mariańską uczniów jezuickiej szkoły. Dokładniejszych danych z tego okresu brakuje. Z Płocka przeniesiono Bobolę do Warszawy. Starał się o niego tutejszy przełożony. W stolicy polem działalności Andrzeja miała być przede wszystkim ambona. Niedługo jednak tutaj zabawił; po roku powrócił do Płocka przyjmując tym razem obowiązki prefekta studiów w kolegium oraz głoszenie słowa Bożego. Szkoła, którą kierował, była niewielka – liczyła zaledwie czterech nauczycieli. Zanotowano jednak w czasie jego pobytu w Płocku ożywienie kultu św. Stanisława Kostki, do czego przyczynił się prawdopodobnie Andrzej swoimi kazaniami.
Od wyjazdu z Płocka do 1642 r. pracował w Łomży, gdzie – jak poprzednio w Płocku – powierzono mu, obok ambony, także troskę o szkołę. Z korespondencji wiadomo, że cieszył się zaufaniem ludzi i że był człowiekiem o wielkim sercu, umiejącym współczuć z innymi w cierpieniu.
W lipcu 1642 r. wrócił do Wilna, aby, jak podczas pierwszego pobytu, kierować Sodalicją mieszczan i prowadzić w kościele komentarz Pisma św. Z końcem 1642 r. lub na początku 1643 r. przeniesiono Andrzeja do Pińska. Kronika domu odnotowuje w tym okresie wzmożone zaangażowanie miejscowych jezuitów w pracę nad prawosławnymi. Wielu z nich przychodziło do kościoła jezuickiego, aby posłuchać kazań lub nauki katechizmu. To oddziaływanie prowadziło do licznych nawróceń. Nie bez znaczenia była też troska o rozwój kultu maryjnego, którego krzewicielami stały się Sodalicje.
W 1646 r. Andrzej znalazł się znowu w Wilnie. Tym razem przyczyną przeniesienia było jego zdrowie, które dotychczas wydawało się nie do zdarcia. Wilno miało klimat bez porównania lepszy aniżeli Polesie. W kościele św. Kazimierza, wrócił do poprzednio pełnionych obowiązków i pracował tu przez sześć lat.
W miesiącach letnich 1652 r., w lepszym stanie zdrowia, powrócił do Pińska, gdzie praktycznie przebywał, z niewielką przerwą, do końca życia. Przez ten ostatni okres swojej ziemskiej działalności pracował przede wszystkim jako misjonarz na Polesiu. Zadanie, jakie postawiła przed nim wola Boża wypowiedziana ustami przełożonych, bynajmniej nie było łatwe. Apostołowanie utrudniały zarówno okoliczności zewnętrzne, jak i atmosfera duchowa. Brak dróg i stąd trudny dostęp do ludzi izolowanych od świata, żyjących na piaszczystych ziemiach, wśród grząskich bagien, sprawił, iż stan religijno-moralny Poleszuków był opłakany. Hołdowali oni przeróżnym zabobonom. W niedzielę jeździli wprawdzie tłumnie do miasta, ale w kościele lub cerkwi zjawiali się tylko na błogosławieństwo przed końcem Mszy św., a resztę czasu spędzali w karczmie.
Początkowo po wioskach i siołach Pińszczyzny przyjmowano misjonarzy jezuickich bardzo niechętnie. Później jednak, gdy pękły lody nieufności, chłopi gromadzili się licznie na naukach głoszonych w wiejskich chatach. Praca duszpasterska była niejednokrotnie dla Boboli okazją aby stanąć w szranki z duchownymi prawosławnymi. Oczytanie w pismach Ojców Kościoła greckiego, do czego dopomogła mu wyniesiona z jezuickiej szkoły średniej dobra znajomość tego języka, sprawiło, że z każdej dysputy wychodził zwycięsko. Do największych jego osiągnięć należy przejście na katolicyzm dwu całych wsi: Bałandycze i Udrożyn.
Proporcjonalnie do osiągnięć apostolskich rosła w obozie przeciwnym niechęć do Andrzeja. Gdy pomimo osłabionego zdrowia chodził ciągle od wioski do wioski, obrzucano go nie tylko obelgami, ale także błotem i kamieniami. Uwieńczeniem tej wrogości była sprawa janowska.
